Los valores que definen la forma de actuar de la Agencia son:
- Independencia y autonomía en el desarrollo de sus funciones.
- Transparencia en todas las actividades realizadas, promoviendo su difusión para informar a la sociedad sobre el desempeño de su labor.
- Garantía de Calidad en su gestión interna para asegurar la eficacia y la eficiencia en su funcionamiento.
- Responsabilidad en su actuación, estableciendo mecanismos para la propia rendición de cuentas con fines de mejora.
- Colaboración con todos los agentes implicados en educación superior para la consecución de objetivos e intereses comunes.
- Orientación al usuario con el fin de satisfacer sus expectativas, en un permanente proceso de adaptación de los servicios a sus necesidades.
- Proactividad en el desempeño de sus actividades, anticipándose a las necesidades y desarrollando acciones innovadoras orientadas a la mejora continua.