El Consejo de Dirección es el órgano colegiado de gobierno de ACSUCYL. Entre sus funciones se encuentran las de aprobar la programación anual de actividades, aprobar los presupuestos y las cuentas anuales, aprobar las memorias de actividades y determinar la estructura de personal de la entidad. Actualmente el Consejo de Dirección está formado por los siguientes miembros:
- El Presidente del Consejo de Dirección
- Los Rectores de las Universidades públicas de Castilla y León
- Los Presidentes de los Consejos Sociales de las Universidades públicas de Castilla y León
- El Director General de Universidades e Investigación
- El Director General de Calidad de los Servicios
- El Tesorero General de la Consejería de Hacienda
- El Director de la Agencia
El Presidente del Consejo de Dirección es el Consejero de Educación y ostenta la representación general de la Agencia.
El Director de la Agencia asume la dirección de la misma y de su personal y la representación plena del Consejo de Dirección en relación con la ejecución de los acuerdos que adopte este órgano.